La prima chiesa di Santa Maria Gloriosa ed il contiguo monastero lo costituirono i frati francescani nel 13. secolo, dopo aver bonificato il territorio. In quell'epoca si trattava di una piccola chiesa che in cento anni è stata ingrandita due volte, per poter accogliere i fedeli. Così è stata costruita anche il Campo dei Frari, dove oggi sorge la chiesa ed anche un pozzo d'acqua dolce. I lavori di edificazione finivano alla fine del 15. secolo e la chiesa venne consacrata nel 1492 al nome di Santa Maria Gloriosa dei Frari.
Con l'arrivo di Napoleone venne spogliata anche questa chiesa e nel 1810 venne soppressa la grande comunità religiosa dei Frari, cioè dei Frati Minori Conventuali. Nel 1926, sotto il papa Pio XI tornò ad essere basilica, anche se basilica minore.
La basilica è ricchissima di opere d'arte, tra le quali due dipinti di Tiziano, la più conosciuta è l'Assunta sulla pala dell'altare. Vi si trovano dipinti e sculture dei maestri più conosciuti di Venezia: Bellini, Bartolomeo Bon, Rizzo, Veneziano, Sansovino. Qui riposano numerosi dogi, procuratori della città ma anche Antonio Canova e lo stesso Tiziano. E' bellissimo il doppio coro, imperniata sull'esistenza dei due organi contrapposti, tipica dello stile musicale a Venezia dei secoli XVI e XVII. Questi organi storici sono gli unici ancora funzionanti di Venezia ed è tra i pochi in Italia.